Na blaszce, wyłożonej wcześniej papierem do pieczenia, umieszczamy rozwałkowane ciasto. Można go jeszcze podsypać skrobią lub mąką. Następnie nakładamy naprzemiennie łyżkę masy jabłkowej i serowej, tworząc w ten sposób wzór szachownicy.
Całość przykrywamy drugą warstwą ciasta, którą rozwałkowujemy podobnie, jak jego pierwszą część. W tym momencie warto zwrócić uwagę na jego fragmenty, wystające poza blachę i – w razie konieczności – odciąć je nożykiem. Ważne jest również nakłucie ciasta widelcem i posmarowanie całości rozkłóconym jajkiem.
Tak przygotowaną szarlotkę, należy wstawić do piekarnika, nagrzanego do 180 stopni. Ciasto powinno piec się przez 40 minut.